山东航空学院信息工程学院始建于1995年创办的滨州师范专科学校计算中心，先后经历了滨州师范专科学校计算机科学系（1998年9月）、滨州学院计算机科学技术系（2004年5月）、滨州学院信息工程系（2013年12月）、滨州学院信息工程学院（2016年10月）、山东航空学院信息工程学院（2023年12月）等发展阶段，是学校最早招收本科专业的院系之一。

1995年5月学校成立计算中心，开设计算机公共课，计算机应用专业（中专）招生。

1996年9月，计算机应用专业（成人大专）招生。

1998年9月，更名为计算机科学系，计算机教育专科专业招生。

2000年1月，滨州教育学院计算机信息管理专科专业并入。

2001年9月，计算机信息管理专科专业（中外合作办学）招生。

2004年6月，更名为计算机科学技术系。

2004年9月，计算机科学与技术本科专业招生，为我校六个首批招生本科专业之一；计算机网络技术专科专业招生。

2005年9月，软件技术专科专业招生，计算机信息管理专科专业调整到经济与管理系。

2007年9月，通信工程本科专业招生，计算机教育专科专业停止招生。

2013年9月，计算机科学与技术专业首次招收春季高考考生。

2013年12月，更名为信息工程系。计算机科学与技术专业获批山东省卓越工程师教育培养计划项目立项专业

2014年9月，物联网工程本科专业招生。

2015年9月，通信工程专业校企合作（中兴通讯）招生。

2016年8月，计算机科学与技术专业校企合作（青软实训）、软件技术专业校企合作（达内时代科技）、计算机网络技术专业校企合作（达内时代科技）、软件技术专业中外合作（美国布鲁姆菲尔德学院）开始招生。

2016年10月，更名为信息工程学院。

2016年11月，计算机科学与技术、通信工程、物联网工程3个专业立项“山东省高水平应用型立项建设专业（群）”。

2019年6月，计算机科学与技术专业获批山东省一流本科专业建设点。

2021年9月，数据科学与大数据技术本科专业首次招生。

2022年6月，计算机科学与技术专业获批国家级一流本科专业建设点。

2023年6月，计算机科学与技术专业通过工程教育认证。

2024年2月，学院获批空间信息与数字技术本科专业。